因為元朝與四大汗國之間是同宗同屬的關(guān)系，可以說四大汗國屬于元朝的勢力，它們的前身都是蒙古帝國，因此幾個國家之間并沒有太大的矛盾。四大汗國的矛盾主要集中在國家內(nèi)部，與元朝之間并沒有多大的勢力糾紛與糾葛。元朝已經(jīng)不醉心于對外擴張了，其最主要的任務(wù)就是處理好國家內(nèi)部中原與蒙古民族之間的關(guān)系。最終統(tǒng)治者選擇蒙漢異治的方式解決水土不服的問題。
大蒙古帝國疆域廣闊，并且有很強的勢力。忽必烈繼承了成吉思汗的衣缽之后，成功奪得了汗位，于是他的幾個在競選中落敗的兄弟分走了蒙古帝國的一部分，建立了四大汗國。因此，四大汗國的統(tǒng)治者與忽必烈之間有著血緣關(guān)系，這幾個國家與元朝同屬于大汗帝國，同宗同屬，算是一脈相承。
因此特別是早期，四大汗國與元朝至今保持著非常和睦的關(guān)系，并沒有多大的矛盾斗爭。再加上元朝合并了中原，勢力極為強勁，因此四大汗國不去招惹元朝。與元朝的相安無事相比，四大汗國內(nèi)部的矛盾則更要尖銳一些。據(jù)統(tǒng)計四大汗國自成立之后，相互之間發(fā)動過多場戰(zhàn)爭，不斷進行勢力劃分。
雖然在糾葛中，蒙古帝國的總領(lǐng)土面積沒有變化，但是分屬的四個國家的邊界線卻有著細微的變化。元朝被漢化，其政權(quán)變動趨于穩(wěn)定，但四大汗國仍然保留了原蒙古帝國的傳統(tǒng)，在爭奪汗位上異常兇猛。因此，各國矛盾不斷，波譎云詭，變化多端。
元朝不僅沒有滅掉四大汗國的想法，在對外擴張時還試圖拉攏四大汗國與其一同發(fā)動侵略戰(zhàn)爭，反而是合作的關(guān)系。后期的元朝政權(quán)岌岌可危，與明朝之間的爭斗使得他們明顯力不從心。四大汗國在此時卻沒有表示幫助，一方面是由于四大汗國與元朝相對獨立，另一方面則是因為明朝勢力強勁，四大汗國選擇明哲保身，而不是盲目出擊。
